Fakultas Ekonomi Universitas Prof.DR. Moestopo (Beragama) didirikan pada bulan Maret 1963 sebagai bagian dari Universitas Prof. Dr. Moestopo (Beragama) dengan Fakultas yang sudah ada sebelumnya yaitu: Fakultas Kedokteran Gigi, dan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, kemudian menyusul Fakultas Ilmu Komunikasi. Berikut merupakan tahapan yang dilalui oleh Fakultas Ekonomi UPDM (B) sebagai institusi pendidikan.

  1.  Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 23 tahun 1963, tanggal 20 Maret 1963, Fakultas Ekonomi Universitas Prof. Dr. Moestopo (Beragama) memperoleh Status Terdaftar.
  2. Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 23 tanggal 31 Desember 1964, Fakultas Ekonomi Universitas Prof.Dr. Moestopo (Beragama) berstatus terdaftar bagi tingkat Sarjana.
  3. SK Kopertis No.31/DIKTI/Kep/1992 tanggal 9 Maret 1992, Fakultas Ekonomi UPDM (B) memperoleh Status Disamakan.
  4. Dengan SK Dirjen Dikti No.507/Dikti/Kep/1996 tanggal 23 Oktober 1996, Fakultas Ekonomi UPDM (B) Jurusan Manajemen kembali ditetapkan statusnya Disamakan.
  5. Keputusan Dirjen Dikti No. 486/Dikti/Kep/1996 tanggal 7 Oktober 1996, Fakultas Ekonomi UPDM (B) Jurusan Akuntansi memperoleh Status Terdaftar.
  6. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 012/BANPT/Ak-VII/S.1/VII/2003, Program Studi Manajemen pada tanggal 9 Juli 2003 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “B”.
  7. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 21/BANPT/Ak-I/VIII/2000, Program Studi Akuntansi pada tanggal 31 Agustus 2000 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “B”.
  8. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 045/BANPT/Ak-VII/S.1/X/2004, Program Studi Manajemen pada tanggal 26 Oktober 2004 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “A”.
  9. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 28/BANPT/Ak-IX/S.1/I/2006, Program Studi Akuntansi pada tanggal 31 Agustus 2006 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “B”.
  10. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 053/BANPT/Ak-XIV/S.1/II/2012, Program Studi Manajemen pada tanggal 10 Februari 2012 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “B”.
  11. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 008/BANPT/Ak-XIV/S.1/VI/2011, Program Studi Akuntansi pada tanggal 23 Juni 2011 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “B”.
  12. Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi Nomor : 008/BANPT/Ak-XIV/S.1/VI/2011, Program Studi Akuntansi pada tanggal 23 Juni 2015 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “B”.
  13. Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri (LAMEMBA) Nomor : 446/DE/A.5/AR.10/V/2023, Program Studi Manajemen pada tanggal 22 Mei 2023 sampai dengan 22 Mei 2028 memperoleh Akreditasi dengan peringkat “Baik Sekali”.